Trải qua các thế kỷ, cuộc Thảm sát Ngày lễ Thánh Barthélemy dấy lên nhiều tranh cãi. Các sử gia đương đại vẫn còn bất đồng về nguyên nhân và trách nhiệm về sự kiện:

• Theo Denis Crouzet, do lo sợ nguy cơ xảy ra một cuộc nổi dậy của phe Kháng Cách, Charles IX chọn giải pháp bóp nghẹt nó ngay từ trong trứng nước hầu có thể bảo vệ quyền lực của mình. Như thế, quyết định này là của nhà vua, không phải của Catherine de’ Medici.
• Cách giải thích truyền thống, được ủng hộ bởi Janine Garrisson, cho rằng Catherine de' Medici và các cố vấn Công giáo của bà là thủ phạm chính. Họ buộc nhà vua, một người bạc nhược và hay do dự, phải làm theo ý họ.
• Theo Jean-Louis Bourgeon, chính là thành phố Paris đang sôi sục lòng căm ghét người Huguenot phải chịu trách nhiệm về cuộc thảm sát. Bourgeon nhấn mạnh rằng lúc ấy Paris đang đứng bên bờ vực của một cuộc cách mạng. Nhà Guise, rất được yêu thích ở đây, lợi dụng tình thế để gây áp lực lên nhà vua và thái hậu. Charles IX bị buộc phải ngăn chặn cuộc bạo loạn tiềm ẩn, như vậy, trách nhiệm thuộc nhà Guise và lực lượng dân quân cùng người dân thành phố.